大正6年（1917）、東京都に生まれる。本名岩崎彌壽彦（やすひこ）。

中学校に通いながら川端画学校夜間部日本画科専攻で学び、昭和13年（1938）、小林古徑に入門する。この年、日本美術院展第25回に「芝生」が入選。以後、数度の入選を経験するも、22年（1947）に日本美術院を退会し、筆墨のおもむくままに各地を放浪した。
その後、各美術展に連続出品し高い評価を得る。29年（1954）から3年半にわたって茨城県に暮らし、牛久沼で河童の絵を研究。

41年（1966）に館山市西岬に移り住み、翌年、田村たけと結婚。
45年（1970）、上野で第1回「岩崎巴人大作展」を開催。同年、「百鬼夜行」が東京国立近代美術館に収蔵された。 46年（1971）よりインド仏跡巡礼の旅に出て、48年（1973）にはインドブダガヤの日本寺に壁画を描いた。52年（1977）、妻たけと共に出家。54年（1979）には「暁」が文化庁に買い上げられている。

各地の展覧会で作品を発表する傍ら、62年（1987）からはNHK教育テレビ「水墨画入門」において講師を務め人気を博した。平成11年（1999）に館山市名誉市民となる。22年（2010）5月9日、93歳で逝去。

館山市に多数の作品を寄贈し、海南刀切神社（館山市見物）など房州各地に作品を残している。