海洋性リゾートタウン館山の海に開かれた新しい玄関口にふさわしく中心市街地のシンボルとなる施設とし、また土地区画整理事業を契機に創出されつつある駅西口地区の南欧風の街並みと整合した景観を持つ「リゾート駅の明るい雰囲気を持ったランドマークとしての風格」をデザインコンセプトとしている。
外観は屋根と壁の大きさを強調し、内部は吹き抜けやトップライトによりゆとりのある空間を形成している。また、駅周辺市街地や鏡ヶ浦を望むことができるようにバルコニーを設けている。
機能面については、高齢者や車椅子利用者等も利用しやすいようにエレベーター、身障者用トイレ、誘導ブロック、階段手摺りなどの設置や電車とホームの段差解消を行った。

昭和48年 3月	館山駅舎建設期成促進協議会設立
昭和55年12月	館山駅東西歩道橋建設促進協議会設立
昭和56年 5月	同協議会が館山市長へ陳情書（28,874名の署名）提出
昭和56年 6月	同協議会が市議会へ陳情書を提出し採択
平成 4年 6月	橋上駅舎建設に関する請願書（館山駅西口地区街づくり協議会）が市議会に提出され採択
平成 4年10月	館山市町内会連合協議会等が館山市長へ陳情書（27,422名の署名）提出
平成 5年 6月	館山駅橋上駅舎建設促進協議会設立
平成 6年 2月	基本調査完了
平成 7年 6月	概略設計完了
平成 8年10月	地方財政再建促進特別措置法に基づく自治省協議終了
平成 9年10月	詳細設計完了
平成 9年12月	JR東日本千葉支社と工事委託契約
平成10年 2月	工事安全祈願祭
平成11年 3月	供用開始
平成12年 3月	竣工

大正8年 5月24日	安房北条駅として開業
大正10年	安房北条駅、南三原駅間開通
大正12年	関東大震災により駅舎倒壊
昭和 4年	房総東西線開通（現内房線、現外房線）
昭和21年	館山駅と改称
昭和29年	房総線に気動車運転開始
昭和44年	房総西線（現内房線）全線電化開通
昭和46年	房総西線を内房線に改名
昭和47年	内房線に特急列車運転
昭和53年	駅舎美化改良工事
昭和57年	貨物取扱業務廃止
昭和58年	自動券売機、印刷発行機導入
昭和62年	日本国有鉄道から東日本旅客鉄道株式会社となる
平成 5年	「ビューさざなみ」運行開始
平成11年	新駅舎供用開始
平成11年	関東の駅百選に選ばれる
平成21年	自動改札機（Suica対応）導入